Mientras Mulder sigue desaparecido, Scully trabaja con el agente especial John Doggett e investiga varios casos de X-files. Doggett le presenta a Scully a la agente Mónica Reyes, una especialista del FBI en crímenes ritualistas. Cuando Mulder regresa conoce de la existencia de los Supersoldados, guerreros alienígenas imparables creados para asegurarse de la colonización alienígena de la Tierra.