La oscuridad ha caído sobre la ciudad de Nueva York ya que Shredder y sus secuases, tienen un control sobre todo, desde la policía hasta los políticos. El futuro es sombrío, hasta que cuatro hermanos marginados, se levantan de las alcantarillas y descubre su destino como Las Tortugas Ninja. Las tortugas deben trabajar con la intrépida reporteraApril O'Neil ( Megan Fox) y su camarógrafo Vern Fenwick (Will Arnett ), para salvar la ciudad y destruir el plan diabólico de Shredder.