La Cueva sigue a la Dra. Amani Ballour, una pediatra de 30 años, y a su equipo formado en su mayoría por mujeres, quienes manejan un hospital subterráneo que han creado para atender a todos los que han sido dañados por la guerra durante el asedio del este de Guta en Siria. A pesar de la adversidad, la Dra. Amani lucha por seguir adelante con su labor.
Fayyad sigue muy de cerca a los encargados del hospital, quienes además de estar al pendiente de sus pacientes, muchos de ellos niños, tienen que estar alerta, pues las bombas caen constantemente. El director captura la angustia de los médicos, el miedo de los heridos y la frustración, enojo y rabia que se vive en un país en guerra.